Lapväärtinjoen-Isojoen alkulähteet ovat Kauhajoen Lauhavuorella. Joki virtaa 75 km pituisena Isojoen ja Karijoen kuntien läpi Isojoki nimisenä ja Kristiinankaupungin Lapväärtissä Lapväärtinjoen nimellä. Isojoella siihen laskee Kauhajoelta alkunsa saava Heikkilänjoki, Karijoella Teuvalta lähtevä Karijoki ja Lapväärtissä Isojoen Kärjenkoskelta lähtevä Kärjenjoki.

 Vesistöön kuuluu Isojoella oleva Kangasjärvi.  Muita merkittäviä järviä joen valuma-alueella ei ole. Sen sijaan on laajoja soita, jotka ovat pääosin ojitettuja, osat turvetuotannossa. Viime aikoina soiden ennallistaminen on tullut ajankohtaiseksi.  Metsien ja soiden ojitus on merkinnyt sitä, että sadevedet virtaavat nopeasti jokeen ja tuovat mukanaan humusta.  Vettä pidättävien järvien ja soiden puuttuminen merkitsee kuivina aikoina hyvin pientä veden virtausta. Joen pudotuskorkeus Isojoen latvoilta mereen on noin 120 metriä.

Jokeen on aikojen kuluessa rakennettu useita voimalaitoksia ja myllyjä. Näistä käytössä on enää Lapväärtin keskustassa Sandgrundin mylly Peruksen kylässa Perus-Fors voimala. Myllyjen ja voimalaitoksen vanhoja säännöstelypatoja on kuitenkin useita jäljellä. Vähän veden aikana ne estävät kalojen nousun. Perus-Forsin patoon on tehty v. 2014 kalaporras. Toinen ennen merkittävä nousueste, Villamon voimalaitos ja pato, purettiin v. 2018 pääosin Ely-keskuksen ja  Suomen luonnonsuojeluliiton varoin ja ennallistettiin taimenten nousuväyläksi ja kutualueeksi.

Lapväärtin-Isojoen alkuperäisen taimenkannan säilyttämiseksi on Pohjanmaan Elykeskus ja RKLT (LUKE) tehnyt paljon työtä. Vuosittain ainakin 20 000 1-2 v. taimenen poikasta on istutettu jokeen. Lisäksi Vanhankylän kalastuskunta on istuttanut jonkin verran poikasia. Istukkaat ovat joen omaa kantaa. Emokaloja on pyydetty mm. Sandgrundin kosken alapuolelta Lapväärtissä. Kalatie Perus Forsin padon ohi ja Villamon padon purku mahdollistavat kalojen nousun aina Lauhavuoren latvapuroihin.  Lisäksi kalastuslain määräys kaikkien rasvaevällisten taimenten vapauttamisesta on lisännyt taimenpopulaatiota. Niinpä Vapun tienoilla kalastajia tulee koko suomen alueelta pyytämään meritaimenia. Tätä nykyä vain noin joka kolmas kala on eväleikattu ja voidaan ottaa saaliiksi.

 Vuonna 2020 jokeen arvioitiin nousseen yli 1000 kutevaa kalaa, 93 kpl Villamon yläpuolellekin. Laskureista havaittiin, että taimenten keskimääräinen koko oli 67 cm.

Isojoella on useita kalastuskuntia.  Kalojen kulun parannuttua myös Villamo-Heikkilän, Isojoen Kirkonkylän ja Iivari-Polvenkylän kalastusalueet tulevat olemaan kiinnostavia taimenen ja harjuksen pyyntikohteita.Lapväärtinjoessa on melko hyvä harjuskanta. Valitettavasti harjusten koko on vaatimaton. Mitallisen 35 cm harjuksen saanti on tiukassa. Harjukset ovat 70-luvulla tehtyjen tutkimustenkin mukaan hidaskasvuisia. Vanhat 27 cm ja 30 cm alamitat kummittelevat edelleen joidenkin mielessä ja ainakin osa harjuksista pyydetään alamittaisina. Harjuksen kalastus Lapväärtin osakaskunnan yläjuoksulla on nautinnollista.

Tuimalan koskissa on kuitenkin paljon taimenen poikasia, joten väkäsettömän koukun käyttö on välttämätöntä.